ImgLib2 – Generische Bildverarbeitung in Java

ImgLib2 ist ein Open-Source Framework zur Repräsentation und Manipulation multidimensionaler Daten. Der Fokus liegt auf biologischen Bilddaten. ImgLib2 bietet eine Abstraktionsschicht um Code-Duplizierung zu vermeiden. Die Architektur des Frameworks beruht auf einer sauberen Trennung von Pixel-Algebra, -Zugriff und Repräsentation der Daten im Speicher. ImgLib2 wird bereits von einer Reihe von großen Open-Source Projekten eingesetzt. Es ist das Datenmodell, das der Bildverarbeitungssoftware ImageJ2 zugrunde liegt, und wird im Mikroskopie-Datenmanagement- System OMERO sowie in der Datamining-Suite KNIME verwendet.

Dieser Vortrag wird zunächst einen Überblick über die Architektur von ImgLib2 geben. Anschließend folgt eine tutorialartige Einführung in die Programmierung mit der Bibliothek.

Unser Sprecher

Tobias Pietzsch ist einer der Hauptentwickler von ImgLib2. Er ist Post-Doktorand am Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik in Dresden, wo er in der Forschungsgruppe von Pavel Tomancak an der automatisierten Auswertung von multidimensionalen Mikroskopiedaten arbeitet.

Links & Downloads

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• http://imglib2.net